新的企劃公司的名字和第一個企劃確定下來之後，相關的籌建工作便有條不紊地繼續展開着。
電視上，《命運石之門》這部動畫也繼續以每週一話的速度播出着。
和不少人猜測的一樣，真由理並沒有徹底被拯救，雖然第十五話和第十六話，連續兩話一次都沒死過，但第十七話的開頭，真由理又死了。
死因是SERN的那些人衝進研究所，一槍將她打死的，只不過死亡時間推遲了一天。
當然，死之前也少不了那句臺詞：“啊咧？真由喜的懷錶停了，好奇怪啊，明明剛剛上過發條的。”
真由理死後，男主自然又一次利用時間跳躍機器穿越回到過去。
不過這一次，他第一時間就找上牧瀨紅莉棲，向牧瀨紅莉棲請求幫助。
牧瀨紅莉棲得知情況後，先是朝男主說了一句：“你不斷重複時間跳躍，無數次地經歷那個瞬間...很痛苦吧？”
之後，她幫男主分析情況，分析過後，得出一個結論：想要移動到β世界線，就必須得到IBN5100，但IBN5100之前還在的，是因爲發送了D-MAIL才消失的，所以，說不定只要逆向消除之前發過的D-MAIL，就能重新獲得IBN5100。
接下來的展開，也如網友們所猜測的那般，基本上是一話一個故事，更具體地說就是男主爲了逆向消除D-MAIL所做的事。
首先是要消除菲利斯的那封D-MAIL，但糟糕的是，男主根本不知道當初菲利斯發的那封D-MAIL的內容，只能跑去找菲利斯。
菲利斯剛剛贏下一個比賽，但比賽結束後，對手因爲輸了比賽不甘心，要報復她。
男主的出現，算是幫了菲利斯一把，儘管他被揍得很慘，最後是菲利斯的父親趕到才能成功脫險。
在和菲利斯一起被追趕的途中，男主將另一個世界線秋葉原的情況告訴菲利斯，還帶着菲利斯去了另一個世界線的女僕咖啡廳MayQueen所在的地方，讓菲利斯漸漸地回想起另一個世界線的事情。
D-MAIL的內容也被她記了起來，不過，那封D-MAIL居然是要讓她十年前去世的父親復活。
一旦這封D-MAIL被消除，秋葉原會恢復，但她的父親也會...
菲利斯的父親是個很好的人。
在菲利斯家裏面，男主再次詢問起關於IBN5100的線索。
菲利斯父親說，原本IBN5100是橋田鈴交給他，讓他幫忙保管的，但很久以前有一次，菲利斯被綁架，偏偏他的公司規模還沒現在這麼大，根本湊不出贖金，剛好那時候，有人表示要高價收購IBN5100，所以他就出手了。
之後，男主跟菲利斯在房間裏面單獨相處。
在確認過不消除D-MAIL，真由理真的會死之後，菲利斯告訴了男主她被綁架的真相。
“十年前，我八歲生日的時候，跟爸爸說好了一起出去玩，但是爸爸因爲工作而沒能去成，雖然是沒辦法的事情，但我卻感到十分寂寞，以爲爸爸是不是不再愛我了，還說了‘再也不理爸爸了’，‘爸爸去死就好了’這樣的話，然後...這竟然成了跟爸爸最後的對話。”
飛機失事，她的父親就是死於那場事故之中。
爲了改變父親死亡的過去，她就發了D-MAIL到十年前父親的手機上，內容是：“女兒在我手裏。贖金一億。去乘新幹線。”
講訴完真相，菲利斯便將自己的決定告訴男主：她會發送消除之前的那封D-MAIL的郵件。
“已經...是時候從夢中醒來了。”菲利斯含淚說道。
菲利斯的那封D-MAIL被消除，秋葉原恢復成原本的模樣，然而，男主去了柳林神社，卻發現柳林神社裏面並沒有IBN5100，儘管十年前，菲利斯確實將IBN5100供在了那個地方，並且到去年爲止都還在。
必須繼續逆向消除D-MAIL。
第二封要消除的是漆原琉華的D-MAIL，這也是第十八話的主要內容。
不同於菲利斯的D-MAIL，漆原琉華的那封D-MAIL，內容是什麼，男主知道得一清二楚，但是他並不知道漆原琉華母親的BP機號碼，而且他也不願意違背漆原琉華的意願，偷偷摸摸地做這種事情。
他找上漆原琉華，將漆原琉華原本是個男人的事情說了一下，結果毫無疑問地將漆原琉華弄哭。
不過，冷靜下來之後，漆原琉華又將男主叫到柳林神社那邊，然後告訴男主，她願意相信男主說的話，但是...作爲恢復男兒身的補償，她希望男主能當她一天的戀人，跟她約會，因爲她喜歡男主。
男主一開始是抗拒的，因爲這個世界線的漆原琉華雖然是個女孩子，但漆原琉華對他來說一直是個男的。
跟男人約會，他實在接受不了，不過，看漆原琉華哭，他還是答應了下來，甚至，看到漆原琉華抹着眼淚，一副楚楚可憐的樣子，他還稍稍心動了一下。
接下來就是跟漆原琉華約會。
一開始，男主向牧瀨紅莉棲請教，還上網查找約會相關的一些資料。
到第二天，在牧瀨紅莉棲的打扮下，他穿上西裝，跟尋常人一樣去跟漆原琉華約會，只是，沒有了白大褂，他整個人也變了，跟漆原琉華約會，變得十分拘束，非常不自然。
不管怎樣，男主遵守約定，跟漆原琉華約會了，所以約會結束，漆原琉華就將母親的BP機號碼給了他。
回到研究所，即將發送消除用的D-MAIL，真由理回來，一句話開解了男主，讓男主意識到自己做錯了什麼。
他讓桶子暫停發送D-MAIL，然後披上白大褂，去柳林神社，找漆原琉華重新來一次約會。
這一次的約會之後，漆原琉華說出了關於IBN5100的情況：“確實，直到去年正月，它一直都待在我家的倉庫裏，但是我把它弄壞了，在打掃倉庫的時候。”
她感到十分自責，之所以願意恢復男兒身，估計也有一點這方面的原因。
等到D-MAIL被消除，漆原琉華恢復男兒身，但男主還是沒能得到IBN5100。
必須繼續逆向消除D-MAIL。
不算買彩票的那封D-MAIL，剩下的就只有桐生萌鬱的D-MAIL。
每消除一封D-MAIL，真由理的死期就會被延後一天。
也就是說，真由理哪一天會死，男主知道得一清二楚，只不過究竟是哪個時間點死亡，還有待見證。
因爲缺少桐生萌鬱的相關信息，男主原本是打算先記下真由理的確切死亡時間，然後進行時間跳躍，解決桐生萌鬱的那封D-MAIL的。
但牧瀨紅莉棲提出要陪着真由理，讓男主先去解決桐生萌鬱的那封D-MAIL，希望能趕在真由理死之前將那封D-MAIL消除。
她還告訴男主：“不管什麼事都可以告訴我，無論什麼事，無論什麼時候都來找我商量吧。不要忘記，無論你身處哪條世界線，你都不是一個人，還有我在。”
第二天，牧瀨紅莉棲陪真由理去了原本她不願意去的漫展，男主則通過各種渠道收集信息。
好不容易找到桐生萌鬱的住所，令男主驚訝的是，桐生萌鬱居然自殺了。
與此同時，牧瀨紅莉棲的電話打過來，哭着說真由理死了。
確認過真由理的死亡時間之後，男主再一次進行時間跳躍。
連續兩次跳躍，回到四天前。
他先跟牧瀨紅莉棲說明情況，然後，找上桐生萌鬱住的破舊公寓。
敲門，無人回應。
開門走進去，裏面沒開燈，桐生萌鬱坐在牆壁的一角，拿着手機，不停地唸叨着“FB”。
她曾說過“FB是她的全部”，但現在，FB不理她了，所以她纔會自殺。
男主跟桐生萌鬱說話，桐生萌鬱也沒搭理他，於是，他乾脆直接搶手機。
桐生萌鬱自然不答應。
想到別的世界線，桐生萌鬱一次次地殺死真由理，男主氣上心頭，狠狠打了桐生萌鬱一拳，還踹了桐生萌鬱一腳，才成功將手機搶過來。
接着，他跑到門外，不顧門內桐生萌鬱瘋狂的叫喊，瘋狂地砸門，在身處研究所的牧瀨紅莉棲的幫助下，用桐生萌鬱的手機發了一條撤銷D-MAIL。
然而，D-MAIL雖然成功發出去，世界線卻並沒有發生變動。
百思不解的情況下，男主注意到一個情況，桐生萌鬱根本沒有換手機，也就是說，當初的那條D-MAIL，在發出去之前，內容被替換了，根本不是要換手機的D-MAIL。
無奈之下，男主只能衝進去，將桐生萌鬱按倒在地，施展嘴遁，一番對話，讓桐生萌鬱稍稍冷靜下來，還得到了不少關於FB的信息。
比如：FB在桐生萌鬱看來像媽媽一樣，之所以對FB言聽計從，是因爲FB給了她容身之所，她根本沒見過FB，也不想見FB，因爲怕見面的話會讓FB失望……
之後，男主從桐生萌鬱的手機中找到真正的那封D-MAIL的內容：老式PC在柳林神社倉庫，立刻回收。
知道真正的內容之後，男主便跟牧瀨紅莉棲配合着，發了第二封撤銷D-MAIL，然而，世界線還是沒有發生變動。
必須找出FB，用FB的手機發出指令，這樣纔有讓桐生萌鬱撤銷行動的可能。
根據桐生萌鬱的隻言片語，想要找出FB非常困難，但男主沒打算放棄。
就在他準備離開的時候，桐生萌鬱告訴他，IBN5100在某座大樓內的投幣式儲物箱中。
似乎還沒被取走。
第二十話，男主和牧瀨紅莉棲商量，打算通過IBN5100順藤摸瓜，找出FB，過程中，桐生萌鬱找來，說她也想見FB，想確認真相。
兩人蹲點蹲了一個晚上，到第二天早上，終於有人來取IBN5100。
順藤摸瓜跟了一路，中間還因爲跟丟了一次，只能利用時間跳躍機器重來。
重來一次，繼續跟蹤，很快男主就發現，IBN5100居然到了顯像管店長天王寺裕吾手中，然後被天王寺裕吾用飛機運往SERN這個組織所在的國家。
沒有出現過像是FB的女人。
男主只能主動找上天王寺裕吾，牧瀨紅莉棲和桐生萌鬱陪同。
在天王寺裕吾家裏面，男主開門見山地問了FB在哪裏，結果天王寺裕吾自爆，他就是FB。
因爲關於FB和桐生萌鬱之間的一些事情，只有桐生萌鬱和FB本人纔會知道，所以身份毋庸置疑。
之後，天王寺裕吾將男主他們叫到附近的某個地方。
桐生萌鬱問天王寺裕吾給她的郵件，爲什麼要使用女性用語，天王寺裕吾直言是爲了騙她。
跟桐生萌鬱斷絕聯繫，是因爲得到IBN5100的那一刻，桐生萌鬱就已經沒用了。
桐生萌鬱說的，FB給了她容身之處，實際上根本就是個笑話。
男主說天王寺裕吾“居然是SERN的走狗”，天王寺裕吾解釋，他也是身不由己，曾經過得非常艱難，那種情況下，SERN朝他伸出了手，彷彿一根蛛絲，他只能順着那根蛛絲往上爬，等到後面想退出就發現已經根本無法退出了。
背叛的下場就是死。
他掏出一把槍，一槍打中桐生萌鬱的胸口。
“你剛纔不是說‘走狗’嗎？纔不是什麼狗，我們是家畜啊，我也想過要逃跑，但就算是這樣的我，也得到了重要的東西，所以我不想把她牽扯進來，可是，失敗是決不允許的，要是逃跑的話，家人就...我也失敗了，但是綯對此一無所知，只要我死了...”
天王寺裕吾說着，拿槍對着自己的腦袋，開槍自殺了。
男主和牧瀨紅莉棲都驚呆了。
倒在地上，彌留之際的桐生萌鬱向男主說了對不起，牧瀨紅莉棲則提醒男主趕緊找天王寺裕吾的手機。
用天王寺裕吾的手機發撤銷D-MAIL，果然成功了。
世界線變動，IBN5100總算搞到手。
男主將情況告訴桶子和牧瀨紅莉棲，讓桶子入侵SERN的系統，幫忙刪除最初的那封D-MAIL。
然而，在牧瀨紅莉棲的提醒下他纔想起來，最初的那封D-MAIL，就是說牧瀨紅莉棲被刺的那一封。
也就是說，一旦這一封D-MAIL撤銷，世界線就會向β線移動，真由理多半就能獲救，但是這麼一來，牧瀨紅莉棲就得死。
意識到這一點之後，男主驚呆了。
從第十七話到第二十話，大方向確實很容易就被網友們猜了出來，但是具體的內容，具體的展開，是真的讓人猜不到。
就比如，FB就是男主他們的研究所樓下的顯像管店長天王寺裕吾，這一點根本就沒有人能猜到。
消除最初的D-MAIL，世界線向β線移動，結果是牧瀨紅莉棲得死，這也是許多人沒有預料到的。
天王寺裕吾自殺前的那一段獨白，則讓人印象深刻又感慨不已。
於是，隨着這部動畫一話又一話播出，口碑繼續得到鞏固，評分也在繼續一點一點地往上漲，甚至，漸漸地開始有人將這部動畫稱爲“神作”。
不過，《命運石之門》口碑越好，評分越高，寫這部動畫的腳本的“虛淵準”也隨之兇名越盛。