很快新成立的村子的村長也經過選舉產生了，原本涼太郎的聲望最高，但由於涼太郎要出外遊歷，所以不參加選舉。最終山崎雄介以二百八十五票最高票數當選爲忍村的影。大野武得到部分人體實驗品的擁護，所以得票也不低，爲一百一十三票，而竹中明繪得到自己的武士的擁護和部分守衛武士的擁護，得了二百一十二票，其餘則是一些零星的票數。
至於新成立村子並不稱爲忍村，因爲這個新村子的組成爲忍者、武士和僧侶，並非傳統意義上的忍者村，它的名字就叫炎流村，但村長仍稱爲火影。於是乎，第一代火影山崎雄介正式上任。
炎流島海域的地貌炎流和海獸只能困住大部隊，但是一些精英級別的就無法困住了，所以爲了防禦奸細的混入，山崎雄介做了一件驚世駭俗的事。他用木遁憑空在炎流島的外圍製造了一片森林。這片森林如圍牆一般將炎流島圍起來。
這片森林的奇異之處有三：一是它的佈局之複雜堪比現代北京西直門立交橋，若是不熟悉道路的外來者，會被困在其中轉圈；二是其中有許多能釋放迷霧和毒物的植物，若無特效解藥進出則會中毒；三是因爲這片森林與山崎雄介有着密不可分的聯繫，若是有人闖入，則會引起山崎雄介的警覺。
在制度方面，爲了防止火影利用職權謀私利，所以火影的任期爲五年，五年後需再選，火影可以連任，但最多連任一次。而在日常工作中，火影的工作受到忍者代表、武士代表、僧侶代表和平民代表共七名委員的監督，這些委員分別是：涼太郎（以新的六號分身代替執行）、竹中明繪（不在期間則以今田永子來代替）、大野武、慧明、川島和馬以及兩名平民代表三橋拓海和田村賢太。
任何不受監督的權利最終都會失控，發展爲個人的私慾。任何只靠自我道德修養，自我監督，自我評價來約束權力的方法都是天大的笑話，所以用委員會的制度來限制火影的權利是非常有必要的。火影村不會將一個村子的希望建立在火影自己守規矩的基礎上。在這裏，若是委員會七人全體通過，可以直接罷免火影；若是有五人以上認爲火影不稱職，也可以提請全村重新選舉火影。
原本平民是沒有權利進入委員會的。但是涼太郎力排衆議給平民安排了兩個名額。原因無他，平民的數量最多，但若是在委員會中沒有平民代表的存在，誰來代表平民的利益。只有自己才能代表自己的利益，指望着別人代表自己還能維護自己的利益，那是傻缺纔會相信的事。在戰火連連的亂世，平民所受的苦難最多，也最冤枉。因爲爭奪的利益和領土都與平民無關，但是戰火波及最深重的卻是平民。原因只有一個，那就在決策層中沒有人代表平民的利益。各國的大名和影，說出兵就出兵，說收多少稅就收多少稅，問過平民們願意嗎？
而炎流村的安保問題則交由大野武和川島和馬組成的忍者與武士混組的警備部。忍者長於刺探，所以在保衛工作上，不能少了忍者的參與，但武士的羣戰實力較高，所以也必須參加。山崎雄介這麼安排也是爲了促進忍者與武士的合作，消除他們之間的隔閡。在火影中，宇智波的叛亂很大一部分程度上是初代火影對宇智波一族的放任自流造成的。火影村的警備部成爲了宇智波一族私人權力機構，把一村的防禦警戒工作單獨的交給一個族來掌控，這是很危險的，同時也讓宇智波一族一直不能充分的融合到村子中去，與村中其他忍者一直保持着界線。所以如果是還按照一族一族的來劃分權利機構，最終必然要出事的。
而慧仁、渡邊睛子、淺井敦則是建立了火影醫院。淺井敦在經歷過這段劫數以後，爲了避免成爲叛逆，只能選擇了加入炎流島成爲了醫院的院長，隨同他加入的還有部分倖存的醫療研究者。而竹中美奈子作爲非常有潛力的新人以實習醫生的身份學習醫療忍術。慧仁雖然作爲人柱力，但因爲醫術高明且佛法精深，所以很受村民愛戴。
慧濱、涼太郎的四號分身則是帶領着幾個倖存的研究者進行忍術研究。但是按照火影村的規則，禁止一切非人爲意願的人體實驗。任何違背倫理的研究、違背受試者意願的研究都不允許進行。
涼太郎更是成立了一個圖書館，收羅了各種忍術，按照忍術的實用性和威力，劃分成了不同等級，然後用圖書館的忍術對外開放。d級忍術可以任意閱覽，c級以上則是要根據各人的貢獻積分值來換取的。而貢獻積分值則是根據各人執行的任務，爲村裏所做的貢獻來評價的。當然，給錢也是可以買到a級以下忍術的。還有若是自己有相當水平的體術和忍術也可以拿來交換。比如你有一個b級忍術是圖書館中沒有的，那麼你就可以用這個忍術兌換一個圖書館中的b級忍術，包學包會，若是學不會就教到你會爲止，服務熱情周到。
山崎雄介以校長的身份成立了火影學校，但是在火影學校中並非只教授戰鬥技巧，還有很多的科學人文常識，而涼太郎五號、慧明、今田永子等則成爲了學校的常任教師，至於大野武、渡邊睛子等則作爲客座講師時常來此進行講課。至於慧濱嘛，還是算了吧，他要是當教師估計會使得村中未婚先孕的學生妹激增的。
新火影學校的培訓分爲初級班、中級班、高級班和成人班。初級班並不是純以教授戰鬥技巧爲目的，六到十歲的兒童參加，主要教的是辨認草藥，認識自然，學文識字，學習禮儀、歷史地理，學習機械原理、基礎醫學常識、鍛鍊身體、學習初級的忍術知識，學會基本的自救逃生手段和野外生存常識。這種初級班並不需要選拔，只要是炎流島上居民的孩子都可以加入。宇智波翼作爲了入學新生中最優秀者得到了山崎雄介的青睞。
大野武曾經反對過這樣溫和的教授方法，認爲應該將這些兒童編成一個童子團，平時做一些放哨偵察的工作，在戰爭中發揮作用。大野武還列舉了在忍者興盛時期各忍村中不乏八九歲的戰鬥天才的事例。但這種激進的想法受到大多數人的反對。把孩子拖入戰爭是多大的罪惡？若是需要孩子來參與戰爭，那還需要武士做什麼？涼太郎雖然也是忍者，但對這種做法深惡痛絕。八九歲的戰鬥天纔不是沒有，但因此死去的兒童更多。讓孩子上戰場，但凡腦子正常一點的人都不敢拿這樣的事來炫耀。
火影學校在初級班中是不分班的，而且不需要選拔。但到了中級班則是十一歲到十三歲的人員參加，需要分班和選拔。所學課程主要爲體術、忍術、幻術、醫術、靈術（陰陽術）、封印術、戰略、傀儡操作等。其實體術具體還分爲暗器、刀術、弓術等，忍術又分爲雷、火、水、土、風等許多科目，但到因爲學校初創，教師不夠，所以也不能分得那麼細。
經過一些基礎培訓後，到了十三歲以上且各科合格以後，就可以去高級班中選定導師。條件是導師願意招收就行。高級班就有了很明顯的職業劃分，基本上就進入了戰鬥的準備了。
至於成人班則是面向成年平民或是武士、忍者的。若是有興趣就可以報班學習技能。比如說你一個武士突然想學學忍術，可以！交錢就行。
至於，涼太郎的本體和一號二號分身則是踏上了去京都的道路。十餘名僧人也肩負着超度人體傀儡的任務踏上了旅程。至於竹中明繪，非常要強的單獨去京都查探自己父親以及涼太郎母親消息。
在離炎流島約五十海裏的一處海面，石野麗嘉乘坐在了一艘船上，周圍是十餘名忍者及數十名水手。石野麗嘉手中的小太刀中顯現出了一張女人的臉，這個女人看上去約有二十多歲，但是石野麗嘉非常恭順的跪坐在小太刀面前。這把小太刀中幻化出的女人對石野麗嘉說道：“你還在痛心？”
石野麗嘉拜伏於地說道：“弟子不敢。”
那女人木然的說道：“我也幫你去除了一個心魔，從今往後，想必那個男人會恨你入骨，你還是忘了他，好好修行幻術吧。作爲一個優秀的幻術師，就不能在情感上有任何破綻，有情便是最大的破綻，所以斬斷一切情感才能真正做到心志堅定。先有情而後才能無情，師傅很看重你，你不要讓師傅失望。”
石野麗嘉點頭道：“哈依！”
至此，新火影村成立了，涼太郎又踏上了新的旅程。秋本町能否復活？野中達子和赤丸爲何會失蹤？石野麗嘉究竟有什麼苦衷？星源又去了哪裏？長島十兵衛能否得到武田將軍的赦免？這一切，請看下卷《逃亡者之卷》。